AlfaPang: alignment free algorithm for pangenome graph construction

Table 5 Total number of base pairs in nodes (in \(10^6\) bp)

Dataset	AlfaPang+	pggb	Minigraph-Cactus	Input size
S. cerevisiae 16	12.61	17.03	18.59	192.04
S. cerevisiae 32	13.64	20.73	26.54	384.52
S. cerevisiae 64	16.01	26.52	38.58	769.61
S. cerevisiae 118	19.37	29.56	53.67	1416.23
S. cerevisiae 16*	14.10	16.78	17.95	189.02
S. cerevisiae 32*	15.93	20.68	24.71	374.53
S. cerevisiae 64*	20.33	26.25	34.12	746.54
S. cerevisiae 118*	26.28	30.89	47.69	1376.10
E. coli 50	14.02	19.01	28.89	249.52
E. coli 100	17.92	20.20	43.61	539.83
E. coli 200	28.59	27.37	67.28	1050.67
E. coli 400	43.37	68.21	90.75	2027.21

ISSN: 1748-7188