Table 1 Index and query statistics of pangenome query tools

PanKmer

23.29

any

31-mer only

1, –, 3, –

1:24:33.87

6.27

KMC3-M

1,267.20

any

re-index

1, 2, 3, –

1:31:23.07

14.32

KMC3-C

18.05

any

re-index

1, –, 3, 4*

0:00:35.71

18.10

MEMO-M

2.35

re-index

any

1, 2, 3, –

0:00:51.15

2.69

MEMO-C

2.04

re-index

any

1, –, 3, –

0:00:13.89

2.79

MEMO-DC

0.87

re-index

any

–, –, –, 4

0:00:08.12

2.46